A jelen környezeti kihívásaira a hagyományos, a növények meglévő tulajdonságaiból kiinduló növénynemesítési technikák már nem minden esetben tudnak hatékonyan válaszolni. A molekuláris genetikai, genomikai módszerekre épülő nemesítés során viszont a növények genotípusát jellemezzük, és ebből következtetünk a várható tulajdonságokra. A molekuláris nemesítés lényege tehát a különböző növényegyedek DNS-szintű változatosságának a jellemzése.